在“【技术应用】解密翻译过程：Ribo-seq技术的革命性发现”中，小编分享了Ribo-seq技术的独特优势与核心发现。这项技术如何应用于基础研究，并巧妙串联多组学数据，成为解码生命奥秘的关键纽带？今天，尊龙凯时人生就博将继续带您解锁基因表达的新视角。

Ribo-seq与转录组的结合

转录组数据反映mRNA的丰度，而Ribo-seq数据则展示翻译效率。通过比较这两者，研究人员可以定量分析不同基因的翻译效率，从而揭示翻译水平上的基因表达调控机制。例如，有些基因虽然mRNA丰度较高，但翻译效率却较低，可能受到翻译抑制因子的影响。

研究案例：东大医学研究所的发现

2025年3月4日，东京大学医学研究所的Toshifumi Inada团队在《Nature Communications》上发表了一项研究，利用RNA-seq和Ribo-seq等技术发现，在酵母中，Grr1在未折叠蛋白反应（UPR）中介导Ubp3的降解，从而维持eS7A单泛素化水平，促进HAC1i mRNA的翻译。此外，Grr1还在独立于Ubp3和eS7A泛素化的情况下，促进HAC1u mRNA的剪接。该研究揭示了Grr1在UPR中的关键作用，尤其是在HAC1 mRNA剪接与翻译过程中的调控机制。

非编码RNA的新探索

在基因表达复杂调控网络中，非编码RNA（ncRNA）长期以来被视为“暗物质”，其功能机制尚未完全揭示。随着Ribo-seq技术的兴起，我们得以从全新的角度挖掘ncRNA的潜力。Ribo-seq能捕捉核糖体在RNA上的精确位置，结合ncRNA分析，检测某些ncRNA可能参与翻译过程，进而产生功能性小肽或调控蛋白质合成。此次研究为深入揭示小肽的分子机制与功能特性提供了新的切入点。

研究案例：circRNA在肿瘤中的作用

研究表明，circRNA编码的蛋白在肿瘤进展中发挥重要作用。以胶质母细胞瘤（GBM）为例，张弩教授团队整合Ribo-seq、circRNA-seq和质谱分析技术，发现在GBM中circ-E-Cad显著高表达，并能够翻译生成功能性蛋白C-E-Cad。深入机制研究揭示，C-E-Cad蛋白可通过分泌途径释放，与表皮生长因子受体（EGFR）特异性结合，显著激活STAT3、PI3K/AKT和MAPK/ERK等信号通路。这些反应最终促进肿瘤干细胞的自我更新能力，推动肿瘤的形成与侵袭性生长，为GBM的恶性进展提供新的分子机制解释。

表观组学与翻译效率

表观组数据反映基因表达的调控信息，如DNA甲基化、组蛋白修饰等。结合Ribo-seq数据，可以研究表观遗传修饰对翻译效率的影响，揭示表观遗传调控在翻译过程中的作用。

RNA甲基化与翻译调控的关系

RNA甲基化，尤其是m6A修饰，能直接或间接影响核糖体与mRNA的结合与翻译效率，从而改变Ribo-seq检测到的核糖体保护片段（RPFs）的丰度。结合甲基化与非甲基化RNA的Ribo-seq数据，可以发现哪些RNA的翻译效率受到甲基化影响，进一步揭示RNA甲基化在特定生物学过程中的作用。

综合多组学数据的案例研究

研究表明，大脑在适应环境变化中起核心作用，尤其对氧气水平极为敏感。南京师范大学团队整合转录组、翻译组和蛋白质组数据，系统研究黄颡鱼大脑对缺氧的调控机制。研究发现，在缺氧条件下，共有2750个基因在翻译水平上显著变化，揭示了HIF-1信号通路、自噬及糖酵解过程在缺氧暴露后显著上调的现象，强调了尊龙凯时人生就博对生命科学研究的贡献。

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